Formado en la cantera del FC Barcelona, Fernando Navarro llegó al RCD Mallorca al comienzo de la temporada 2005-2006 en calidad de cedido. Sin embargo, su implicación total con el club y la isla, así como su aptitud en el terreno de juego, hicieron que se convirtiera en jugador en propiedad del club el verano de 2006. Navarro es un lateral izquierdo con capacidad par desplazarse a cualquier otra zona de la retaguardia, como ha demostrado a lo largo de la pasada temporada. En verano de 2008 fichó por el Sevilla FC.